Starfsemi safnsins fylgir stofnskrá og safnstefnu eins og hún er skilgreind í samnefndum gögnum, þar sem tilgreind eru markmið safnsins og stefna í söfnun, varðveislu, rannsóknum, miðlun og safnfræðslu.
Fyrsta stofnskráin er frá árinu 1948 en var tekin upp árið 1999 eftir að sveitarfélögin í Skagafirði voru orðin tvö. Áður tilheyrði safnið sýslunni og síðar héraðsnefnd, sem fóru með stjórn hreppa og kaupstaða innan sýslumarkanna. Byggðasafn Skagfirðinga er eign Skagafjarðar sem annast rekstur safnsins.
Höfuðstöðvar safnsins eru í Glaumbæ en varðveislurými safnsins er á Sauðárkróki.